Pelanggaran HAM berat merupakan sebuah kejahatan yang menjadi musuh seluruh umat manusia. Salah satu pelanggaran HAM berat yang terjadi di Indonesia adalah pelanggaran HAM berat pasca jajak pendapat di Timor Timur. Upaya pemidanaan terhadap para terduga pelaku pelanggaran HAM berat di Timor Timur mengharuskan Indonesia membentuk pengadilan HAM ad hoc dan menerapkan kebijakan retroaktif karena perbuatan tersebut terjadi sebelum ada UU No. 26 Tahun 2000 Tentang Pengadilan HAM diundangkan. Kebijakan retroaktif seringkali dibenturkan dengan asas legalitas, apakah sebuah negara akan membiarkan para pelaku pelanggaan HAM berat tidak diberi sanksi atas perbuatannya hanya karena meyakini kemutlakan asas legalitas? Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui rasionalitas kebijakan retroaktif dalam penyelesaian pelanggaran HAM berat, dan untuk mengetahui bagaimana mekanisme dan tata cara penyelesaian pelanggaran HAM berat pasca jajak pendapat di Timor Timur melalui pengadilan HAM ad hoc.
Kedua permasalahan penelitian di atas bersifat deskriptif (descriptive research). Jenis penelitian yang digunakan adalah yuridis normatif dengan menggunakan pendekatan perundang-undangan (statute approach) dan pendekatan kebijakan (policy approach). Data dikumpulkan melalui studi literature (Study of Literature) dan dianalisis dengan metode kualitatif.
Berdasarkan hasil penelitian terhadap permasalahan di atas dapat diketahui bahwa penerapan kebijakan retroaktif dalam penyelesaian pelanggaran HAM berat merupakan sebuah kebenaran, mengingat HAM adalah hak yang dimiliki oleh seluruh umat manusia secara nyata yang berlaku universal di segala tempat dan waktu, selain itu pelanggaran HAM berat itu sendiri merupakan musuh seluruh umat manusia. Menurut putusan Mahkamah Konstitusi No. 065/PUU-II/2004 juga menilai bahwa Pengadilan HAM ad hoc tidak bertentangan dengan Pasal 28I UUD 1945. Sedangkan hasil penelitian terhadap permasalahan kedua, mekanisme dan tata penyelesaian pelanggaran HAM berat pasca jajak pendapat di Timor Timur ternyata tidak memiliki perbedaan yang signifikan dengan penyelesaian perkara pidana biasa, hanya saja para aparatnya yang berbeda. Dalam peradilan umum yang melakukan penyidikan adalah Polisi, sedangkan dalam Pengadilan HAM ad hoc adalah Jaksa Agung. Penyelesaian melalui Pengadilan HAM ad hoc dalam kasus pelanggaran HAM berat pasca jajak pendapat di Timor Timur belum sesuai dengan ketentuan yang terdapat di dalam UU Pengadilan HAM. Ketidaksesuaian tersebut terdapat pada investigasi awal ternyata daftar nama pelaku terduga pelanggaran HAM berat pasca jajak pendapat di Timor Timur tidak semuanya disidangkan di muka pengadilan HAM ad hoc . Selain itu vonis hakim yang memidana tiga tahun penjara kepada salah satu terduga pelaku pelanggaran HAM tidak sesuai dengan UU Pengadilan HAM karena menurut UU tersebut ancaman pidananya minimal 5 tahun penjara.